ינו 012015
 

במלחמת האזרחים האמריקנית התפצלה הנאמנות היהודית בהתאם למקום מושבם. יהודי הדרום תמכו במשטר העבדות ובקונפדרציה הדרומית; יהודי הצפון תמכו בלינקולן. האישיות המקורבת ביותר לנשיא הקונפדרציה הדרומית, ג'פרסון דיוויס, היה הסנטור היהודי יהודה פיליפ בנג'מין (Judah P. Benjamin, 1811-1884); הקריירה המשפטית והמדינית של בנג'מין הפכה אותו לאישיות היהודית הבולטת ביותר באמריקה בזמנו. הוא היה היהודי הראשון שנבחר לסנאט של ארצות-הברית ב-1852. שימש כנציג ודובר נלהב של מדינות הדרום בויכוח סביב העבדות ופעל נמרצות למען פרישת מדינות הדרום. עם פרוץ המלחמה נקרא מיד על ידי הנשיא דיוויס לשמש כשר המשפטים של הקונפדרציה. כעבור חודשים אחדים מונה כשר המלחמה. לחובתו נזקפו כמה כישלונות חמורים בניהול המלחמה. כישלונות אלה עוררו גל של השמצות בעלות אופי אנטישמי; בנג'מין התפטר מתפקידו, אך הנשיא מינה אותו מיד לתפקיד שר-החוץ של הקונפדרציה, תפקיד אותו מילא בהצלחה עד סיום המלחמה ותבוסת הדרום.

בצפון דווקא התרחשה תקרית בעלת אופי אנטישמי חמור, כאשר הגנרל יוליסס גרנט, ממצביאי הניצחון של צבא הצפון, הוציא בדצמבר 1862 פקודה האוסרת על נוכחות סוחרים ממוצא יהודי באזור הצבאי הנתון לשליטתו. הנשיא לינקולן הורה לבטל מיד את הפקודה, משזו הובאה לידיעתו. לימים, משנבחר גרנט לנשיא, ב-1868 וב-1872, הכחיש בתוקף כל נטייה לאנטישמיות או למשפט קדום כלפי היהודים. בתקופת כהונתו מונו יהודים לתפקידים בכירים בממשל. ב-1869 הציע לידידו, הבנקאי היהודי ג'וסף סליגמן (Joseph Seligman, 1819-1880 ), לכהן כשר-האוצר של ארצות-הברית, אך זה דחה את ההצעה. הבנק של סליגמן שיווק בהצלחה באירופה, בזמן המלחמה, אגרות חוב של ממשלת ארצות-הברית ותרם בכך תרומה חשובה למאמץ המלחמה של הצפון. לזכותו של הנשיא גרנט נזקפה גם המעורבות האמריקנית החזקה בלחץ הבינלאומי שהופעל על ממשלת רומניה, בסוף שנות ה-60' ותחילת שנות ה-70', להפסיק את מדיניות האפליה ואת הפוגרומים כנגד היהודים ברומניה.

כ-7,000 יהודים שירתו בצבא הצפון וכ-3,000 יהודים שירתו בצבא הדרום. לפי ההערכה, למעלה מ-500 חיילים ומתנדבים יהודים נפלו בקרבות.

רוב מנהיגי הרבנים היהודיים הרפורמיים, שגילו בדרך כלל מעורבות בחיים הציבוריים באמריקה, שמרו עם זאת על שתיקה בסוגיית העבדות ומלחמת האזרחים. יוצא דופן היה הרב דוד איינהורן, שבלט תמיד בדעותיו הרדיקליות הן בנושא הריפורמה והן בנושאים חברה ומדינה. הוא שימש כרב הקהילה היהודית בבולטימור, במדינת מרילנד, שתמכה בעבדות. אך הוא העז להשמיע שם דברים בגנות העבדות ונאלץ להימלט צפונה, לניו-יורק, לאחר שאיימו על חייו.