ינו 012015
 

בשבוע הראשון של פברואר החלו פעולות השילוח של יהודי סאלוניקי. ראש המנהל האזרחי באיזור הכיבוש הגרמני פרסם פקודה לסמן את כל בתי היהודים ועסקיהם יסומנו והיהודים ירוכזו ברבעים מסוימים. נערכה רשימה מספרית של כל היהודים. נאסר על היהודים לעזוב את מקום מגוריהם ולהשתמש באמצעי התחבורה הציבורית. הוטל עליהם עוצר לילה והם נדרשו למסור את הטלפונים שברשותם. עד 25 בפברואר רוכזו היהודים בשני גיטאות. ב-15 במרס יצא המשלוח הראשון ובו 2,800 גברים, נשים וילדים לאושוויץ. המסע נמשך חמישה ימים. קרוב ל-2,200 נשלחו מיד לתאי הגזים. השאר נשלחו למחנה העבודה. הרב הראשי, ד"ר צבי קורץ, שמונה כראש הקהילה היהודית בדצמבר 1942, ופעל על סמך ההנחה שיש לשתף פעולה יעילה עם הנאצים ואולי להקטין בכך את ממדי הפגיעה. רוב היהודים ראו בו משתף פעולה. לקראת המשך השילוחים באה פנייה מארגון "טוט" (Todt) הגרמני, שריכז את מבצעי הבנייה של הרייך לצרכי המלחמה, להפנות אליו אלפי עובדים יהודים. אייכמן אישר העברת 3,000 עובדים יהודים לרשות "טוט"; קורץ ביקש לנצל את ההזדמנות ולהגדיל את רשימת עובדי הכפייה ובכך להקטין את מספר היהודים הנידונים לשילוח; אך אייכמן דחה את הפנייה. עם זאת השתדל קורץ להרגיע את האוכלוסיה היהודית ונתן מהלכים לדיבור הגרמני כי היהודים נשלחים להתיישבות באזור קראקוב. בין אמצע מרס לאמצע מאי יצאו 17 משלוחים לאושוויץ. המשלוח האחרון הגיע לאושוויץ באמצע אוגוסט 1943 ובו 1,800 מן העובדים שנמסרו ל"טוט". בסך הכל נשלחו לאושוויץ למעלה מ-48,500 מיהודי סאלוניקי. אליהם צורפו גם יהודים מן העיירות בתרקיה המזרחית ובמקדוניה המרכזית-מזרחית.

יהודים בעלי נתינות איטלקית וספרדית הוצאו מרשימות השילוחים. בסוגיית היהודים בעלי נתינות איטלקית, ממנה נהנו כמה מאות יהודים, התעורר ויכוח נוקב בין הרשויות הגרמניות והאיטלקיות. הקונסול האיטלקי בסאלוניקי פרש חסותו על כל היהודים בעלי הנתינות האיטלקית ואפשר להם מעבר לשטח בו שלטו האיטלקים. יתר על כן הוא העניק אזרחות לדורשי נתינות איטלקית מקרב היהודים היוונים. הגרמנים מחו נמרצות ועשו מאמצים לבלום את תנועת הבריחה לשטח האיטלקי. כ-750 יהודים קיבלו אשרות כניסה מן הקונסוליה האיטלקית, בתוכם כ-300 יהודים יוונים. כ-2,000 יהודים הצליחו להבריח את הגבול והגיעו לשטח האיטלקי בכוחות עצמם.

הקונסול הספרדי באתונה, סבסטיאן רומרו ראדיגלאס (Radigales), התגייס להצלת היהודים הספרדים בסאלוניקי. ממשלת ספרד עצמה נקלעה להיסוסים וחוסר החלטיות לגבי היהודים בעלי הנתינות הספרדית. מצד אחד, לחץ משרד החוץ הגרמני על ממשלת ספרד לקלוט את נתיניה היהודים במהירות; מצד שני, חששו הספרדים מריבוי פליטים יהודים ודרשו ערובות לכך שפליטים אלה לא יישארו לישיבת קבע בספרד. לבסוף סוכמה רשימה של 510 נתינים ספרדים שממשלת ספרד הסכימה לקלוט. לא נמצאה דרך להעביר את האנשים לספרד. הקונסול הספרדי הגיע להסכם עם האיטלקים לאפשר מעבר הנתינים הספרדים לאתונה. הגרמנים התערבו ועצרו 367 מן הקבוצה והסיעו אותם לברגן-בלזן, ביחד עם כמה מנכבדי הקהילה היהודית בסאלוניקי, ביניהם גם הרב צבי קורץ ומשפחתו.  לאחר משא-ומתן ממושך נוסף בין הגרמנים והספרדים  הושג הסכם להעברת הקבוצה הספרדית לספרד. הם הגיעו ליעד הנכסף בפברואר 1944.

הגרמנים השתלטו על השטחים המוחזקים בידי האיטלקים לאחר כניעת איטליה לבעלות-הברית דבספטמבר 1943. מיד ניגשו לתכנון שילוחם של יהודי אתונה למחנות ההשמדה. פעולות הרישום של היהודים נתקלו בקשיים תודות לשיתוף הפעולה בין היהודים למחתרת יוונית. קל יותר היה ללכוד את היהודים בעיירות הפריפריה. רק בתחילת אפריל 1944 הצליחו הגרמנים לרכז למעלה מ-5,000 יהודים, חלקם מאתונה ורובם מעיירות השדה ושלחו אותם לאושוויץ ולמחנות אחרים.

לאחר הגירושים הגדולים נותרו יהודים רק באיים, בעיקר בקורפו וברודוס. הקהילה היהודית בקורפו מנתה כ-2,000 נפש. הם רוכזו על ידי הנאצי ביוני 1944 ושולחו לאושוויץ. רק כ-200 הצליחו להימלט אל ההרים. ברודוס התקיימה בתחילת המאה קהילה גדולה שמנתה כ-10,000 נפש. רובם היגרו משם במשך הזמן. תחת הכיבוש הגרמני חיו באי כ-2,000 נפש. הגרמנים שילחו אותם ליבשת ומשם לאושוויץ בסוף יולי 1944. 275 יהודים שחיו באי זאנתה ניצלו תודות לסיוע מצד האוכלוסיה המקומית וגם מצד מפקד חיל-המצב הגרמני באי. היהודים שהגיעו לאושוויץ מקורפו ומרודוס ניכרו במצבם הגופני המשופר ומתוכם בחרו הגרמנים ב-435 צעירים לשמש ב"זונדרקומנדו" העובד בפינוי הגופות מתאי הגזים אל המשרפות. צעירים אלה סירבו לשמש בתפקיד זה והעדיפו להיכנס בעצמם לתאי הגזים. התנהגות זו הטביעה רושם רב על אנשי המחנה. על פי הערכה למעלה מ-60,000 מיהודי יוון הושמדו. כתום המלחמה נותרו ביוון למעלה מ-10,000 יהודים.