כ-100,000 יהודים, אולי מחצית ממגורשי ספרד, ביקשו מקלט בפורטוגל השכנה. המלך חואן ה-2 (1495-1481) התיר למשפחות יהודיות עשירות להתיישב בפורטוגל. רוב המגורשים האחרים קיבלו רשות שהייה זמנית לתקופה של שמונה חודשים; כתום תקופה זו, משהתברר כי רוב היהודים לא הצליחו למצוא להם אמצעי הפלגה לארצות אחרות ונשארו בארץ, הוכרזו אלה כעבדי המלך. ילדים יהודים רבים נלקחו ממשפחותיהם ונשלחו לאיי סאו-תומה כדי שיגדלו שם כנוצרים.
במגפה שפרצה בין הגולים היהודים, בעיקר מקרב דלת העם, מתו אלפים ובתוכם גם מנהיג הגולים, הרב יצחק אבוהב.