במלחמת שלושים השנים (1648-1618), שעשתה שמות באוכלוסי גרמניה, היתה הפגיעה באוכלוסיה היהודית קטנה יחסית. יישובי היהודים, שנהנו מחסותם של צבאות הקיסר הגרמני וצבאות השבדים בעלי-בריתו, לא נפגעו ולא נתמעטו באופן ניכר. בערים שתחת שליטת הקיסר אף התרבו.
שלום וסטפליה 1648, שאימץ את עקרון הסובלנות וחופש הדת, בישר התחלתו של תהליך הפרדה בין ענייני הדת לענייני הממלכה. ואף ש"שלום הדתות", כפי שכונה הסכם וסטפליה, נסב רק על הדתות הנוצריות היריבות בגרמניה – הלותרנית, הקלוויניסטית והקתולית – עתיד היה להשפיע גם על יחסי השלטונות כלפי היהודים. האוכלוסיה הנוצרית, בעיקר תושבי הערים, התמידו בהתנגדותם התקיפה לנוכחות היהודים ולגילויי הסובלנות כלפיהם.
הטבח ביהודי אוקראינה, פולין וליטא, בשנת 1648 ובשנים 1656-1654, גרר אחריו גל של פליטים יהודים, שברחו מאימת הפרעות וביקשו מקלט בערי גרמניה, אוסטריה ומורביה. קבוצות גדולות נדדו לפרוסיה המזרחית ולשלזיה.
הגירת היהודים עוררה התנגדות עזה בקרב תושבי הערים. הערים החופשיות ליבק, היילברון, שווינפורט, אוגסבורג הצליחו במידה זו או אחרת לסלק את היהודים מתחומן. מהמבורג גורשו רוב היהודים האשכנזים שהתיישבו בה בזמן מלחמת שלושים השנה.
[בהמבורג התגוררו כמאה משפחות "פורטוגליות", צאצאי אנוסים שהיגרו לכאן מפורטוגל ומספרד, החל משלהי המאה ה-16, וחזרו לקיים את יהדותם. תחילה הקימו שלוש קהילות נפרדות, סביב שלושה בתי-כנסת. ב-1652 התאחדו לקהילה אחת. הם היוו גורם חשוב בפיתוח כלכלתה של המבורג, כעיר מסחר בינלאומית וכמרכז פיננסי. ב-1619 חברו כשלושים סוחרים מן הפורטוגלים בהקמת הבנק של המבורג, שהיה מראשוני הבנקים באירופה].
לעומת זאת, שליטי המדינות והנסיכויות הגרמניות נטו ברובם להעניק חסות ליהודים המבקשים להתיישב בשטחיהם. לאחר שלום וסטפליה, ביקש כל שליט לחזק את ריבונותו המקומית, כנגד מגמת הריכוז של הקיסר, מחד גיסא, וכנגד מגמת ההתפרדות והעצמאות של הערים, מאידך גיסא. התלות היהודית המוחלטת בשליטים המקומיים הפכה אותם אלמנט רצוי בעיני הנסיכים וניתן היה לנצל בקלות את הפוטנציאל הכלכלי שלהם. מלחמת שלושים השנים חשפה לעיני כל את זמינותו הגדולה של ההון היהודי, שסייע רבות לכלכלת המלחמה של הנסיכים ואף של הקיסר. נזקי המלחמה והשאיפה לשיקום מהיר הגבירו את היזקקותם של הנסיכים למקורות הון. הספקים היהודיים שהזינו את הצבאות, הפכו בזמן השלום ל"יהודי חצר", יהודים ששימשו כסוכני החצר וסיפקו את צרכי האשראי הדחופים של השליטים. כל חצר השתמשה בשירותיהם הכספיים של כמה סוכנים יהודיים, והיו סוכנים ששימשו כמה אדונים. על פי הערכה, במאה ה-17 וה-18 הגיע מספרם של היהודים שנהנו ממעמד של סוכני החצר ברחבי גרמניה לכמה אלפים.
מוסד "יהודי החצר" התגבש לאטו במרכז-אירופה בשלהי המאה ה-16 ולאורך המאה ה-17, בעיקר בתחומי הקיסרות הגרמנית. יהודי החצר הבולט הראשון בתקופה זו היה יעקב באסווי (בת-שבע, 1634-1570), בן משפחה יהודית עשירה בפראג, שפעל בשירות הקיסר ההבסבורגי, מאתיאס השני. עם פרוץ מלחמת שלושים השנה יצר שותפות עסקית (קונסורציום) עם הנסיך מליכטנשטיין ועם הגנרל ואלנשטיין, מפקד הצבא הקיסרי, שקיבלה בחכירה את המטבעה הממלכתית והפיקה בשנות המלחמה מטבע פחות ערך, כדי להעמיד לרשות הקיסר את הסכומים הדרושים לו למימון המלחמה. הטאלר ירד עד כדי שביעית מערכו וזכה לכינוי לעג "הטאלר של שמיל". הקיסר העניק לבאסווי תואר אצולה, האביר מטרויאנברג Treuenburg)) , ובכך היה ליהודי הראשון באירופה (להוציא איטליה) שזכה לתואר אצולה. באסווי עמד בראש הקהילה היהודית בפראג; אף שעורר עליו התנגדות עזה מקרב הקהילה. לאחר מותו של הנסיך מליכטנשטיין, נאסר באסווי ורכושו הוחרם; אך ואלנשטיין חילץ אותו והעביר אותו אל ארמונו, שם ניהל את ענייני הכספים של הדוכס. זמן קצר לאחר שואלנשטיין נרצח ב-1634, נפטר גם באסווי. עם מותו בוטלו כל הזכויות והתארים שהוענקו לו. הקריירה המדהימה של באסווי מדגימה במידה רבה את פרשות חייהם וגורלם של יהודי חצר מפורסמים אחרים במאה ה-17 ותחילת המאה ה-18.
מקור מימון בולט של ספקי החצר היתה המטבעה, שבה התיכו והטביעו מחדש את המטבע הממלכתי, תוך הפחתת אחוז הכסף בו. פעולה זו שנעשתה בהמרצת השליטים התאבים למימון ואשר הפקידו בידיהם את זיכיון ההטבעה, גרמה כמובן לפיחות ניכר ומתמשך של המטבע והגבירה את האיבה כלפי היהודים שנחשבו האחראים העיקריים להידרדרות המטבע. גם קשריהם המסועפים של יהודי החצר ברחבי גרמניה ומחוצה לה הגבירה את יכולת גיוס הכספים שלהם. הפיצול המדיני של גרמניה, מחד גיסא, והפיזור היהודי, מאידך גיסא, העניקו להם גמישות תמרון ופעולה ללא מתחרים. נכונותם ליטול סיכונים ותלותם המוחלטת בשליטים – אף אלה העניקו להם יתרון ברור על מתחריהם הנוצרים, כמו גם הקשרים שפיתחו יהודי החצר בגרמניה עם הבנקאים היהודיים הפורטוגליים בהמבורג ובאמסטרדם; שכן הללו ריכזו בידם חלק ניכר מסחר היהלומים והמתכות האצילות שהגיעו מן העולם החדש.
התפקיד שמילאו יהודי החצר כספקי האשראי הבולטים של חצרות המלכים במדינות הריכוזיות האבסולוטיסטיות החדשות העולות במרכז אירופה, לא היה מבוטל. השיטה המרקנטיליסטית, שאיפיינה את כלכלת המדינות האלה, שיטה שייחסה חשיבות עליונה למצב האוצר (יתרות הכספים) והאשראי העומד לרשות שליטי המדינה, היטיבה עם היהודים. ועם זאת, מעמדם הפוליטי והכלכלי של יהודי החצר היה תלוי על בלימה. אף שנהנו מזכויות מיוחדות וצברו עושר רב, היו ונשארו יהודים חסרי זכויות אזרחיות, שכל מעמדם תלוי ברצונו הטוב ובגחמותיו של השליט, שהם היו משרתיו ועושי רצונו. לא תמיד כיבדו השליטים השקועים בחובות כבדים את התחייבויותיהם הכספיות, וכל חילוף שלטון ערער במידה זו או אחרת את מעמדו ואת נכסיו של יהודי החצר.
ידועה הפרשה הטרגית של יוסף זיס אופנהיימר ("היהודי זיס", 1738-1698), ששימש סוכן החצר של הדוכס קרל אלכסנדר מוירטמברג. זיס הפך איש אמונו של הדוכס וביצע רפורמות חשובות במנהל המדינה ובפיתוח המונופולים של המדינה לטובת אוצרו של השליט. הוא השניא עצמו על רוב החוגים מרובי ההשפעה בדוכסות, וכאשר נפטר הדוכס פתאום, ב-1737, נאסר זיס מיד, הועמד למשפט באשמת בגידה במדינה ועברות אחרות, נידון למוות והוצא להורג בפומבי בשטוטגארט. יהודי גרמניה ראו ביהודי זיס קדוש מעונה, למרות שבמשך חייו לא שמר קשר עם הקהילה היהודית ורק בבית כלאו חזר בתשובה ודחה בגאון את הברירה שהוצעה לו להמיר דתו ולהינצל.
הקריירה של יהודי החצר החלה בדרך כלל כגובי המסים של הקהילות היהודיות מטעם השליט המקומי. משהפכו סוכני חצר, יצאו רובם מתחום הקהילה והתגוררו בקרבת חצר השליט. במקרים רבים התגבשה קהילה יהודית חדשה סביב מקום מושבו של יהודי החצר. היו מקרים שבהם ידעו להפעיל את השפעתם כדי להשתדל למען הקהילה היהודית; היו מהם ששמרו על אורח חיים יהודי ואף תרמו לא מעט לקיום מוסדות הקהילה ובעיקר המוסדות התורניים. אבל בדרך כלל משפחות יהודי החצר, שנהנו מחופש תנועה ופריבילגיות מיוחדות (בין השאר היו פטורים מסמכות בתי הדין הרבניים, שלהם היו כפופים כל חברי הקהילה היהודית) ניתקו בהדרגה ממקורם היהודי והיו חלוצות תהליכי ההשתלבות וההטמעה בחברה הנוצרית שבתוכה פעלו. בתוך שנים שלושה דורות התנצרו צאצאי יהודי החצר, ברוב המשפחות הידועות.