בקונגרס וינה (ספטמבר 1814 – יוני 1815), שבו עוצבו הסדרי השלום שלאחר תבוסת נפוליאון, הוסכם על הקמת קונפדרציה של המדינות הגרמניות, במקום הקיסרות הרומית הקדושה, שפקע מעמדה ב-1806, תחת לחצו של נפוליאון; הקונפדרציה תקיף 39 מדינות ו-4 ערים חופשיות (פרנקפורט על המיין ושלוש ערי ההאנזה, המבורג, ברמן וליבק) ובראשן פרוסיה ואוסטריה. בדיונים על חוקת הקונפדרציה הגרמנית, עלתה גם שאלת מעמדם של היהודים. כיוון שהמגמה הכללית היתה להחזיר את הסדר הישן על כנו ואף לחזק אותו ברוח עקרונות "המדינה הנוצרית", ביקשו נציגי הערים החופשיות – פרנקפורט, המבורג, ליבק וברמן – לבטל את שיווי הזכויות שהוענק ליהודים על פי תכתיבה של צרפת.
מנגד עמדה הצעתו של וילהלם הומבולדט, הציר הליברלי מפרוסיה, לקבוע בחוקה כי המאמינים בדת ישראל נהנים מזכויות אזרחיות בהתאם לחובות האזרחיות המוטלות עליהם, ובכל המדינות יש לדאוג לתיקונים מתאימים בחוקותיהן, שיאפשרו מימוש העיקרון הזה. פרוסיה ואוסטריה, שמדיניותן בשאלה היהודית לא היתה תלויה בתכתיב הצרפתי והיא תאמה את הקו המוצע על ידי הומבולדט, תמכו בו. בלחצן של הערים החופשיות נתקבלה נוסחת פשרה, שהתירה למעשה למדינות הברית לחזור אל המצב החוקי ששרר בשאלה היהודית לפני שנכפו עליהן עקרונותיה של המהפכה הצרפתית.
מול לחצן של הערים החופשיות, שפעלו בקונגרס לביטול זכויות היהודים (בערים ברמן וליבק גם חידשו את היזמה לאסור ישיבת יהודים בעיר), שיגרו הקהילות היהודיות של פרנקפורט ושל ערי ההאנזה אל הקונגרס בווינה שליחים מטעמן שדרשו לקיים את הזכויות שהושגו על ידי היהודים. בא כוחן של הקהילות היהודיות בערי ההאנזה היה עורך-דין נוצרי, קרל אוגוסט בוכהולץ, שהשעין את הדרישה היהודית על העיקרון הכללי של שוויון הזכויות האזרחי, שממנו גם היהודים זכאים ליהנות. נציג יהודי פרנקפורט היה יעקב ברוך ברנה, אביו של הסופר היהודי-גרמני, לודויג ברנה.
עד מהרה הופיעו פרסומים פובליציסטיים ולמדניים, פרי עטם של פרופסורים מכובדים, שעלו על גל הריאקציה הרומנטית ורעיון הלאומיות הנוצרית, ותקפו את הכוונה לשלב את היהודים בחיי המדינה הגרמנית. ראש וראשון למתקיפים היה פרידריך ריס (Rühs), פרופסור להיסטוריה באוניברסיטת ברלין, שבחוברת "תביעת היהודים לאזרחות גרמנית" (1816), חזר על הטענה, כי היהודים מהווים אומה בתוך אומה, מדינה בתוך מדינה. הוא הביא ציטוטים מתוך ספרו של אייזנמנגר, "היהדות החשופה" (1700), כדי להוכיח כי היהודים עוינים את הנוצרים ואינם יכולים להשתלב בהם. אין להעניק זכויות אזרח ליהודים, רק זכויות תושב. יש להגביל את מספריהם ואת מעורבותם בחיי הכלכלה, וכדי ליצור הפרדה בין היהודים לבין הגרמנים ראוי לתת בהם סימן בדמות לבוש לאומי מיוחד.
פרידריך פריס (Fries ), פרופסור לפיסיקה ופילוסופיה באוניברסיטת היידלברג, יצא בהתקפה פרועה יותר, בחוברתו "על הסכנה הנשקפת מן היהודים למעמדם של הגרמנים ולאופיים" (1816). היהודים מהווים "קסטה תגרנית-סרסורית" מסוכנת, חובקת זרועות עולם. המחוקקים הליברליים בני המאה ה-18 שגו באשליות הומניסטיות לגבי היהודים. המון העם, בחושו הטבעי, יודע טוב יותר כיצד יש לנהוג ביהודים. ליהודים צפויים "מעשי אלימות נוראים", אם לא תרוסן התנהגותם – ניבא פריס. יש להמעיט את מספרי היהודים על ידי הגבלת רשיונות נישואין. יש לצמצם את העיסוק היהודי במסחר ולהטיל עליו הגבלות חמורות. יש לחייב אותם בלימודים בבתי-ספר ציבוריים נוצריים. יש לנתק בין היהדות לבין התלמוד ולגרש את היהודים שיסרבו להצהיר על הסתלקותם מהוראות התלמוד.
בפרנקפורט התפרסמה חוברת בעילום שם, "השקפות והערות", ובה מוסברת שנאת היהודים בהתנהגות היהודים עצמם. הם לא השתנו ונשארו "עם נודד רודף כסף". היהודים רואים עצמם כעם סגולה ובזים לעמים האחרים. היהודי אינו יכול להיות גרמני. מולדתו האמיתית היא ארץ יהודה. הפתרון לבעיה היהודית הוא "להחזיר את הפלשתינאים המפוזרים לארץ המובטחת", ומן הראוי שמעצמות אירופה ישאו ויתנו על זה עם תורכיה.
בפולמוס החריף סביב שאלת זכויות היהודים נשמעו גם קולות שצידדו, מי בלשון רפה ומי בלשון תקיפה, בהשוואת זכויות היהודים. בין הדוברים היהודיים בלט הסופר לודויג בֶּרנֶה(1837-1786), שטען כי ההתקפה על היהודים לאמתו של דבר היא חלק מן המתקפה הכוללת על החירות בגרמניה. הוא הפיק מעטו כמה הבחנות שנונות על שנאת היהודים: "אתם שונאים אותם לא משום שהם מרוויחים זאת [כלומר, ראויים לשנאתכם]; אתם שונאים אותם משום שהם מרוויחים [כלומר, עושים חיל כלכלי]". ועל מקורה הנוצרי של השנאה אמר: "נראה שזו נובעת מאימה עמומה ובלתי ניתנת להסבר שמעוררת היהדות, המלווה את הנצרות מעריסתה, בלעג ובאיום של רוח רעה, כנשמת אם שנרצחה". ברנה עצמו התנצר באותה שנה.
לודוויג ברנה (ליב ברוך) נולד בגטו של פרנקפורט וכל חייו ביקש לפרוץ ממנו החוצה. הוא רכש השכלתו באוניברסיטאות שונות בגרמניה. התבלט עד מהרה כאחד הפובליציסטים החריפים ביותר בגרמניה, עטו המושחז עמד תדיר לשרותם של שני אדונים – רעיון החרות מצד אחד והפטריוטיזם הגרמני מצד שני. ברנה התנדנד בין שני הקטבים האלה, כמו רוב האינטלקטואלים הגרמנים הבולטים בדורו. אך רגליו היו רתוקות אל מקורו היהודי. ברנה נחלץ תמיד להשיב מלחמה להתקפות האנטישמיות כלפי היהודים; ועם זאת סבר כי שאלת היהודים תוכל להיפתר רק במסגרת החירות הכללית.
בפרנקפורט התנהל מאבק משפטי ממושך סביב זכויות היהודים, אותן זכויות שנקנו על ידי היהודים בימי ממשלו של הדוכס הגדול דלברג, ואשר אותן ביקש הסנט של פרנקפורט לבטל. בעצומה שהוגשה לבונדסטאג של הפדרציה הגרמנית, שהתכנס בפרנקפורט, הועלתה הטענה כי על פי החלטות הקונגרס הוינאי אין לבטל או לשנות את הזכויות המקוימות בידי היהודים. בדין ודברים שהתפתח בין הבונדסטאג לבין הסנט של פרנקפורט, ניסו אנשי פרנקפורט לערער על סמכותו של הבונדסטאג להתערב בשיפוטה של העיר החופשית. פרסום פומבי ניתן לטענות המשפטיות וההיסטוריות של שני הצדדים. ועדה מיוחדת של הבונדסטאג גיבשה הצעת פשרה ולפיה יוענק ליהודים מעמד מיוחד של "אזרחים ישראלים". היהודים היו מוכנים לקבל הצעה זו, אך דרשו שהיא תיכלל בחוזה מיוחד בין העיר לבין הקהילה היהודית ולא תהיה כפופה לשינויי חקיקה בעתיד. הסנט של פרנקפורט דחה את הצעת הפשרה ואת התנאי שהעמידו היהודים. גם התערבותו של מטרניך לא הועילה. המשא-ומתן נפסק והושעה עד 1824.